玛御谷温泉小镇内也保留了原生态的溪谷，大面积梯田。溪谷内还保有大量丰富的原生态物种，多条自然流淌的河流穿过小镇。小镇依托这样的自然生态环境，建立了高黎贡自然教育基地，让小镇人对自然有更自由更亲近的感受和认识。